本科成立於民國97年7月1日，隸屬內科部。首任主任為李俊年主任，草創時僅有三位胸腔科醫師，共同披荊斬棘，並逐漸茁壯以肺結核之專業奠定地位。隨後由陳豪成主任接任即引進侵入性支氣管鏡之高端技術，協助胸腔科醫師更精準診斷病情。李岡遠主任於102年7月上任，繼往開來，從肺癌與呼吸道疾病之領域起，從臨床醫學到學術研究，建立全國性之胸腔醫學中心與國際接軌，並延攬各大醫學中心之專業人才，陸續在睡眠醫學、重症醫療、肺部復原、肺癌治療等領域全方位共同發展，讓雙和醫院胸腔科翻開嶄新的一頁。馮博皓主任於108年上任至今，接續過往所奠下的基礎，尤其肺癌已進入精準治療時代，可依據對副作用的耐受程度，調整病患的療程，提供更佳的預後療程。

本科目前有主治醫師11位，其中教授1位，副教授4位，助理教授2位，呼吸治療師30位，技術員1位，主要共同服務內容範疇包含門診、重症加護病房、胸腔內科檢查區、亞急性呼吸照護病房、一般急性病房等，照護重點疾病如下:

• 慢性阻塞性肺病，占全球死因第三位。因呼吸道長期發炎，致無法恢復，進而呼吸道阻塞，氣體無法通暢進出肺部；也由於肺部氣體交換功能不良，病患往往出現氣喘、胸悶、咳嗽等症狀。雙和醫院強調正確用藥觀念，以減少疾病急性發作，以及搭配肺部復原的處方治療，早期發現、早期治療，避免肺功能持續惡化。
• 氣喘為支氣管的慢性發炎，因長期處於發炎的狀態，當氣管接觸誘發因子的時候，小氣管會出現腫脹且分泌物增加，呼吸道肌肉的過度收縮，造成支氣管狹窄，引發病患咳嗽，多痰，呼吸困難與喘鳴聲音等。因空氣汙染與台灣氣候較為潮濕，致氣喘人口增加，為國人常見的氣道疾病。
• 特發性肺纖維化是一種慢性、漸進性纖維化的間質性肺炎，其成因不明。病灶只侷限於肺部，造成病患漸進性的呼吸困難與肺功能惡化。
• 支氣管擴張症，指的是肺臟中支氣管不正常且永久性的擴張，導致氣道不可逆的變形。患者易反覆性呼吸道感染，因而有膿痰、久咳、痰中帶血絲、胸痛及呼吸困難等症狀。

在過往李岡遠主任帶領下雙和醫院胸腔科，提供中永和及大臺北地區民眾完善的藥物與治療策略，且設有慢性肺部疾病患者專屬的肺復原治療室，同時也參與全球生物製劑之臨床試驗，與國際研究接軌。為提供更智慧化的治療，由劉文德醫師主持的智慧型呼吸健康照護中心，107年11月開發「慢性呼吸道疾病預警系統」，透過「穿戴式裝置」，建構出與基層醫療的共同照護平台，用於追蹤長時間病情的變化。

近幾年來，睡眠呼吸中止症逐漸受到重視，也發現和高血壓、心臟病、中風等疾病都有相關。目前本科睡眠醫學由劉文德醫師主要負責，結合神經科、精神科、耳鼻喉科、心臟科、家醫科等，具有跨專業整合的醫療特色。並透過智慧型呼吸健康照護中心結合穿戴裝置，提供居家而且全天候的細膩照護。

在台灣，肺結核一直以來都是嚴重的傳染病之一，本科在肺結核方面，由李俊年主任領軍，希望可以用優良品質服務病人。在其帶領下，本科參與全國之多重抗藥性肺結核計畫，並在近年內成功地減少肺結核的發生率，成為全球矚目的焦點。此外，為配合疾管署加強結核病防治工作，本院也配合並參與潛伏結核感染(LTBI)之診斷及治療。

在曾健華主任帶領下胸腔內科積極參與本院重症治療，並同時和護理師、藥師、營養師、呼吸治療師及社工師等成員組成重症團隊，對於呼吸衰竭、休克、嚴重敗血症等各式重症病患提供更好的醫療品質，與跨團隊的照護。