本科成立於民國97年7月1日，隸屬於內科部，第一任主任為李俊年主任，草創時僅有三位胸腔科醫師，共同披荊斬棘，開疆擴土，胸腔科也在主任克勤刻苦的規劃下逐漸茁壯並以肺結核之專業奠定地位。之後由陳豪成醫師接任開始引進介入性支氣管鏡之高端技術。李岡遠主任於102年7月上任，繼往開來，從肺癌及呼吸道疾病之領域起，從臨床服務到學術研究建立全國性之胸腔醫學中心並和國際接軌成為亞洲新興之胸腔醫學重鎮，並延攬各大醫學中心之專業人才，
陸續在睡眠醫學、重症醫療等領域全方位齊步發展，讓雙和醫院胸腔科翻開嶄新的一頁。
本科目前有主治醫師11位，其中教授1位，副教授1位，助理教授3位，講師1位，呼吸治療師25位，服務內容如下
肺癌
肺癌目前是台灣死亡率第一名的癌症。李岡遠主任主持的雙和醫院肺癌治療團隊是一個多學科的綜合團隊，包含胸腔內科、胸腔外科、放射腫瘤科、一般及分子病理科、放射科、個管師、護理師、藥師、心理師及社工師等。團隊提供完善的治療，包含達文西手術，立體定位放射治療，標靶及免疫治療等。團隊並稱著於免疫治療及腫瘤微環境之研究，並為亞洲重要之臨床試驗重鎮，提供肺癌病人另一個重要的治療機會。
呼吸道疾病
慢性阻塞性肺病近年來在十大死因中常佔有一席之地，氣喘是國人常見的氣道疾病。在李岡遠主任帶領下雙和醫院胸腔科提供中永和及大臺北地區的民眾完善的藥物醫療以及肺復原治療，並參與全球嶄新生物製劑之臨床試驗與國際研究同步接軌。為提供完善治療，由劉文德醫師主持的智慧型呼吸健康照護中心正建構和基層醫療之智慧型共同照護平台，以智慧醫療網覆蓋每一個居民的呼吸健康。
睡眠醫學
近幾年來，睡眠呼吸中止症逐漸受到重視，也發現和高血壓、心臟病、中風等等疾病都有相關。目前本科睡眠醫學由劉文德醫師主要負責，也和包含了耳鼻喉科、精神科、神經內科等等形成了跨領域、跨團隊的合作。並透過智慧型呼吸健康照護中心結合穿戴裝置，提供居家而且全天候的細膩照護。
肺結核
在台灣，肺結核一直以來都是嚴重的傳染病之一，本科在肺結核方面，由李俊年主任領軍，希望可以用優良品質服務病人。在其帶領下，本科參與全國之多重抗藥性肺結核計畫，並在近年內成功地減少肺結核的發生率，成為全球矚目的焦點。
重症醫學
在林啟嵐主任帶領下胸腔內科積極參與本院重症治療，並同時和護理師、藥師、營養師、呼吸治療師及社工師等等組成重症團隊，對於呼吸衰竭、休克、嚴重敗血症等等各式各樣重症病患提供更好品質和跨團隊的照護。